Vinsten, som förutom äran består av 500 000 euro för att fortsätta satsa på och utveckla stadens innovativa lösningar på samhälls- och hållbarhetsutmaningar, fick Linköping i kategorin European Rising Innovative City för städer med upp till 249 999 invånare.
Flera svenska städer har tidigare placerat sig högt i tävlingen, men detta är första gången en svensk stad har vunnit.
– Vi är mycket stolta och glada över att lyftas som ett föredöme i Europa, och kommer fortsätta utveckla vårt arbete för att skapa bästa möjliga stad för våra invånare, säger Mikael Sanfridson (S), borgmästare i Linköpings kommun.
Padova i Italien kom på andra plats och Cork på Irland blev trea.
– Den här vinsten skapar ett momentum som vi ska ta vara på, både internt och externt, i arbetet att möta nutidens och framtidens utmaningar, avslutar Mikael Sanfridson.